Struktura centra

Gastrocentrum FNKV a 3. LF UK sdružuje tato pracoviště: 

Interní klinika 3. LF UK a FNKV – divize gastroenterologie a hepatologie
Chirurgická klinika 3. LF UK a FNKV 
Radioterapeutická a onkologická klinika 3. LF UK a FNKV 
Radiodiagnostická klinika 3. LF UK a FNKV 
Ústav patologie 3. LF UK a FNKV 
Ústav biochemie, buněčné a molekulární biologie 3. LF UK 
Ústav patofyziologie 3. LF UK
Centrální laboratoře FNKV – laboratorní genetika