Chirurgická klinika FNKV má k dispozici celkem 4 operační sály:
3 standardní
1 urgentní sál, sloužící pro potřeby Traumacentra FNKV Ten je umístěn v prostorách oddělení urgentního příjmu na Klinice anesteziologie a resuscitace FNKV.
Operační sály jsou plně vybaveny technikou k provádění klasických i miniinvazivních (laparoskopických) výkonů.