Všeobecná veřejná nemocnice Císaře a Krále Františka Josefa okresu Vinohradského a Žižkovského, založená před 100 lety roku 1902, neměla po celých padesát let svoje dětské oddělení. Potřeba samostatného pediatrického pracoviště se ukázala jako naléhavá jednak s rozvojem specializované lékařské péče o děti po 2. světové válce, jednak s rozdělením pražské lékařské fakulty a vznikem samostatné lékařské fakulty hygienické (dnešní 3. lékařské fakulty Univerzity Karlovy). Založením nové dětské kliniky byla v roce 1952 pověřena prof. MUDr. Jiřina Čížková-Písařovicová, DrSc., která patřila k nejvýznamnějším osobnostem české pediatrie 20. století.
Nově zřizovaná klinika byla umístěna do budovy známé pod jménem "Hagibor" (hebrejsky - hrdina). Tento objekt má pohnutou historii. Před druhou světovou válkou byl součástí sportovně-rekreačního areálu, který patřil pražské Židovské obci. Na počátku 2. světové války sloužil jako nouzová škola a útulek pro židovské děti. v jídelně budovy byla údajně poprvé provedena dětská opera "Brundibár", známá později svým opakovaným nastudováním v terezínském ghettu. Koncem války byl celý areál zneužit jako transportní koncentrační tábor pro židovské občany. Po válce Hagibor krátce sloužil jako útulek pro staré a nemocné členy Židovské obce a poté neunikl znárodnění.
Dětská klinika byla v prostorách Hagiboru vybavována postupně. První lůžka byla zprovozněna 2. listopadu 1953. v roce 1959 dosáhla klinika kapacity 80 lůžek, později bylo otevřeno samostatné rentgenové pracoviště a laboratoř. Klinika se stala prvním zařízením v Československé republice s vyčleněnými lůžky pro dorostové pacienty.
Paní profesorka MUDr. Jiřina Čížková-Písařovicová, DrSc. (1908-1994), přednostka kliniky v letech 1952-1973, byla vůbec první ženou, která získala profesuru na Karlově univerzitě (1955). Spoluzaložila u nás obor dorostové lékařství a monografií "Klinická endokrinologie dětského věku" (1954) se stala de facto zakladatelkou československé pediatrické endokrinologie. Několik generací pediatrů vysoce oceňovalo i její "Diferenciální diagnostiku nemocí dětského věku" (1966), která zůstává dosud v českém písemnictví ojedinělá. Paní profesorka byla známou a váženou osobností nejen u nás, ale i v zahraničí, o čemž svědčí i její členství v britské Royal Society of Medicine a jmenování expertkou pro péči o mládež při WHO.
Její nejbližší spolupracovnicí byla po několik desetiletí doc. MUDr. Bohunka Blehová, CSc. (1917-1996). Věnovala se především problematice vrozených metabolických vad a významně se zasloužila o zavedení plošného screeningu fenylketonurie, našeho prvního novorozeneckého screeningu. Svoje mimořádně bohaté klinické zkušenosti s dětmi s vrozenými metabolickými vadami paní docentka shrnula mimo jiné v monografii "Oligofrenie a demence v pediatrické praxi" (1968), kterou napsala spolu se známým britským neuropatologem Leonadrem Cromem. Tato kniha se stala výzvou k včasné detekci dětí s fenylketonurií. Pilotní studii účinnosti screeningu fenylketonurie doc. Blehová ukončila právě před 30 lety, v roce 1972, a otevřela tak pro děti s fenylketonurií perspektivu kvalitního života bez mozkového postižení.
Po prof. Čížkové vedl kliniku v letech 1973-1983 prof. MUDr. Jan Ringel, CSc. (1917-1983). Věnoval se zejména praktické dětské kardiologii (monografie "Diagnostický přínos EKG pro pediatrickou praxi", 1979) a juvenilní hypertenzi. v 70. letech byl předsedou České pediatrické společnosti.
Jeho nástupkyní se v letech 1984-1990 stala doc. MUDr. Marcella Beránková, CSc. (1935-1991).
V letech 1990-1997 působila ve funkci přednosty kliniky prof. MUDr. Olga Hníková, CSc. (1931-2017), jedna z vedoucích osobností české dětské endokrinologie poslední třetiny 20. století a bezesporu nejvýznamnější náš současný dětský thyreolog. Díky jejímu mnohaletému úsilí se podařilo v roce 1985 zavést druhý plošný novorozenecký screening, zaměřený na včasné odhalení vrozené hypotyreózy. Tento screening umožňuje několika stovkám postižených dětí prožívat kvalitní a plnohodnotný život bez jinak neodvratného těžkého mozkového postižení.
V letech 1997 – 2006 byl přednostou kliniky Prof. MUDr. Jan Lebl, CSc. (nar. 1955). Pod jeho vedením se na vinohradské dětské klinice rozvinula péče o diabetické děti, klinika se stala metodickým centrem pro léčbu růstovým hormonem. Pracovníci kliniky pod jeho vedením, věrni odkazu zakladatelky kliniky, řadu prioritních molekulárně-genetických projektů z oblasti dětské endokrinologie a metabolismu. Rozvíjela se klinická péče o dětské pacienty s nemocemi gastroenterologickými, nefrologickými i v dalších subspecializacích pediatrie. Také díky oddělení dětské chirurgie, poskytuje v současné době vinohradský areál komplexní pediatrickou péči dětským pacientům z přilehlých pražských obvodů, ale také superkonziliární péči ve vybraných oborech na regionální i na národní úrovni. Laboratoř novorozeneckého screeningu, která je součástí kliniky, provádí ročně více než 100 000 vyšetření ze suchých krevních kapek.
S budovou zvanou Hagibor se pracovníci kliniky i dětští pacienti rozloučili v dubnu 2006 Objekt byl v souladu s restitučním zákonem navrácen Židovské obci a klinika se přemístila do nově upravených prostor pavilonu M v areálu Fakultní nemocnice Královské Vinohrady, kde je soustředěna péče o dětské pacienty i jiných oborů (ORL, ortopedie, oční, rehabilitace). Vzniká tak skutečný „Dětský pavilon„. Od září 2006 do srpna 2019 byl přednostou kliniky Doc.MUDr. Felix Votava, Ph.D. (nar. 1957) a od září 2019 se vedení kliniky ujímá prof. MUDr. Milan Bayer, CSc. (nar. 1956).