Laboratoř adaptace metabolismu

Laboratoř adaptace metabolismu (doc. Heneberg, dr. Šimčíková), na klinice rozvíjí interdisciplinární výzkum metabolismu diferencované i nádorové buňky. Studujeme schopnost buňky přeprogramovat metabolismus jak podle dostupnosti živin, tak podle schopnosti využívat isoformy metabolických enzymů. Schopnost nádorové buňky přeprogramovat energetický metabolismus je jedním ze znaků zhoubného bujení (Hanahan D. & Weinberg R.A., Cell 144: 646-674, 2011).
Více informací: https://www.lf3.cuni.cz/3LF-1513.html 

Našim cílem je porozumět molekulární podstatě patologických změn buněčného metabolismu a odhalit „slabiny“ nádorového metabolismu, které by se mohly stát cílem nádorové terapie. Patologické změny v metabolismu si lze představit jednak jako příčiny a/nebo následky běžných civilizačních či vrozených chorob, například různých typů diabetu.

Potenciální studenti bakalářského, magisterského i doktorského studia si mohou vybírat z aktuálně nabízených témat. Hledáme motivované a kreativní studenty, kteří mají zájem pracovat na vědecky atraktivních tématech pod vedením zkušených pracovníků laboratoře v přátelské atmosféře. V případě zájmu zašlete svůj motivační dopis, stručný životopis (a v případě předchozí práce v laboratoři i doporučení) na e-mail P. Heneberga.

Pro akademický rok 2022/23 nabízíme dvě doktorandská místa.

Pro studenty 3. lékařské fakulty nabízíme SVA pro aktuální akademický rok:

V rámci evropského projektu ESF/ERDF během let 2020-22 připravujeme otevření výukové laboratoře pro pregraduální studenty s moderním vybavením pro molekulárně biologické pokusy. Laboratoř bude využívána pro konání každoročního letního blokového kursu určeného studentům všeobecného lékařství 3. lékařské fakulty i studentům mimofakultním, kde si bude možné vlastnoručně vyzkoušet moderní techniky precizní medicíny. Připravovaný kurz bude zahrnovat širokou škálu přístupů od přípravy designu pokusu pomocí bioinformatických nástrojů, analýzu DNA, izolace RNA, přípravu rekombinantních proteinů, měření vlivu mutací na klinicky významné enzymy, práci s tkáňovými kulturami, vybrané analytické metody, závěrečné zpracování dosažených výsledků a kritický rozbor reproducibilních přístupů, ale i chyb vybrané vědecké publikace související s řešenou problematikou. Veškeré úkony budeme předkládat v klinickém kontextu tak, aby byla zřejmá jejich využitelnost při rutinním kontaktu s pacienty, především na specializovaných klinických pracovištích se zaměřením na pacienty se zhoubným bujením nebo dědičnými onemocněními.

Co aktuálně studujeme?
Zabýváme se objasněním role hexokinas v metabolismu nádorové buňky. Lidská buňka může exprimovat několik isoforem hexokinas v závislosti na typu tkáně. U buněk nejrůznějších typů nádorů dochází ke zvýšení exprese hexokinasy I, popř. hexokinasy II. Ke studiu role isoforem hexokinas využíváme technologie genového inženýrství (CRISPR/Cas9, CRISPRi, lentiviry), biochemické a molekulárně-biologické metody. Pomocí těchto přístupů sledujeme nejen změny na úrovni metabolických drah, ale také jejich vliv na signální dráhy asociované se vznikem a progresí zhoubného bujení.

Laboratoř je akreditována pro nakládání s geneticky modifikovanými organismy úrovně II, jednotlivé projekty mohou (volitelně) zahrnovat práci s laboratorními zvířaty nebo s buňkami pacientů a dobrovolníků.

Náš tým
Doc. RNDr. Petr Heneberg, Ph.D.
- e-mail: petr.heneberg@lf3.cuni.cz
- ORCID: 0000-0002-0703-951X
- ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Petr_Heneberg
- Předchozí afiliace: 2008-2011 Ontario Cancer Institute, Toronto, Kanada, 1999-2008 Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., Praha
- Člen redakční rady Diabetes Care (2018-2020)
- Řešitel grantů GA ČR 15-03438Y (2015-2017), AZV 15-32432A (2015-2019), GA ČR P301/12/1686 (2012-2014), IGA MZ ČR NT13663-3 (2012-2014)

Ing. Daniela Šimčíková, Ph.D.
- e-mail: daniela.simcikova@lf3.cuni.cz 
- ORCID: 0000-0002-1227-846X
- Předchozí afiliace: 2009-2013 MBÚ AV ČR, 02-07/2019 EMBL, Heidelberg, 06/2021-06/2022 Yale University, Faculty of Medicine

Magisterští studenti
- Dominik Gardáš, Tomáš Pelikán, Vojtěch Charvát, Robert Žak 
- naši studenti prezentují každoročně výsledky své práce na fakultní konferenci SVK. Např. na fakultní vědecké konferenci r. 2021 získali za své prezentace 1. a 2. místo; r. 2020 se na na této konferenci umístili naši studenti na 2. a 3. místě a dostali i Cenu diváka. 
- Výsledky prací následně prezentují i na mezinárodních konferencích, r. 2021 např. na Cold Spring Harbor Laboratory meeting on the Biology of Cancer: Microenvironment & Metastasis. 
- Tematické zaměření se přizpůsobuje aktuálním rozsáhlejším projektům laboratoře. Dominik Gardáš byl/je řešitelem dvou projektů GA UK, aktuálně GA UK č. 324421 (2021-2023) s názvem "Metabolická stratifikace ovariálního karcinomu jako cesta k personalizované terapii".

Aktuální spolupráce
Prof. Roman Zachoval (FTN, Urologická klinika) - výzkum metabolismu buněk světlobuněčných nádorů ledvin.

Prof. Lukáš Rob (FNKV, Gynekologicko-porodnická klinika), dr. Kateřina Hložková (FN Motol, Klinika dětské hematologie a onkologie) - výzkum metabolismu buněk nádorů ovária a endometria.

Dr. Miroslav Veith (FNKV, Oftalmologická klinika), dr. Jaroslava Dusová (FN Hradec Králové, Oční klinika), dr. Veronika Matušková (FN Brno, Oční klinika), dr. Jan Němčanský (FN Ostrava, Oční klinika) - výzkum nových typů autoprotilátek u pacientů s diabetickým makulárním edémem.